我国花卉产业目前仍处于世界花卉产业链的低端。从全行业利润率看，我国虽然是世界花卉生产面积最大的国家，但从单位面积产量、产值、效益看，都还处于低水平阶段。我国花卉业仍处于高速低效、数量扩张阶段，花卉产业的资源优势还未转化为产业优势。
在荷兰、哥伦比亚等花卉发达国家，平均每平方米土地年生产月季250支至500支，而我国仅生产100多支。在品种方面就差得更多了，荷兰一枝最新推出的花卉往往是我国同类普通花卉价格的10倍以上，有的甚至达到了上百倍的差距。再加上专利费、种苗费的存在，使得我国花卉业的利润率非常低。
与发达国家的花卉企业相比，国内花卉企业规模也偏小，竞争力弱，至今还没有出现有国际影响的大企业。我国花卉生产企业基本上是从农户及国有苗圃生产基础上发展起来的。以分散经营、小农经济为主体的格局仍未根本改变，生产设施和生产技术水平仍相对落后。企业生产组织形式普遍表现为“大而全”或“小而全”，生产专业化程度低、规模小，市场竞争能力弱。不少企业既搞引种、繁种试验，又要搞生产、经营和销售;既生产切花、又生产盆花，顾此失彼。企业无法形成自己的特色和拳头产品，只能在低水平上相互竞争，经营路子越走越窄。
从全国的花卉布局来看，全国各地的花卉产业还没有得到有效的整合，生产布局十分不合理，低水平、重复建设严重。受市场利益和政府产业规划的驱动，我国不少省份急功近利、一拥而上投资花卉业的情况目前十分严重。许多地区都试图种植每一种花卉，百花园式的生产结构十分普遍。一些地区不考虑当地气候条件、地区消费水平，盲目发展鲜切花生产，造成低水平的重复投资和盲目建设。花卉生产单产低、质量差，已对我国花卉产业造成了很大的消极影响。
由于处于较低的层次，品种比较简单，我国花卉产业很容易被其他国家模仿，目前越南、泰国等东南亚国家的模仿已对我国花卉产业产生了很大的威胁。据一些专做东南亚花卉生意的花商告诉记者，近三年来，越南、泰国等东南亚国家的花卉产业发展得非常快。如泰国以前自己种的鲜花并不多，现在却种了很多与昆明地区类似的鲜花，品质虽然比我国差些，但是由于是本地生产本地销售，有很大的优势。越南更是凭借比我国还低廉的劳动力价格，在花卉产业上对我国构成了更大的威胁。目前，在东南亚市场上，越南玫瑰凭借价格优势已异军突出，国内花商、花农普遍感到巨大的威胁。